Το σημαντικότερο τμήμα της εγκατάστασης είναι η βιολογική επεξεργασία που αποτελείται από : Αναερόβια δεξαμενή φωσφόρου, δύο δεξαμενές αερισμού, δύο δεξαμενές καθίζησης και το κτίριο προσθήκης χημικών.
Η εγκατάσταση λειτουργεί σύμφωνα με την μέθοδο Bio – Denipho και ταυτόχρονα υπάρχει η δυνατότητα προσθήκης FeCl3 για την περαιτέρω μείωση της συγκέντρωσης του φωσφόρου στην εκροή. Το απαραίτητο οξυγόνο παρέχεται στους μικροοργανισμούς από 4 ρότορες και η απαραίτητη ανάμειξη στην αναερόβια δεξαμενή από 3 αναμικτήρες. Στην συνέχεια η ενεργός ιλύς οδηγείται στις δεξαμενές καθίζησης, όπου η λάσπη καθιζάνει. Μέρος της λάσπης που καθιζάνει επιστρέφει στην αναερόβια δεξαμενή και ένα μικρό μέρος απομακρύνεται από την εγκατάσταση ως περίσσεια λάσπης.