Με το σύστημα Bio – Denipho αφαιρούνται με βιολογικές διαδικασίες οργανικές ύλες (BOD), άζωτο και φώσφορο.
Αρχικά τα ανεπεξέργαστα λύματα οδηγούνται στην αναερόβια δεξαμενή (απουσία οξυγόνου και νιτρικών) όπου τα βακτηρίδια ελευθερώνουν φώσφορο. Από την αναερόβια δεξαμενή τα λύματα οδηγούνται στις δεξαμενές αερισμού που λειτουργούν εναλλάξ σε κύκλους αερόβιων (παρουσία οξυγόνου) και ανοξικών (απουσία οξυγόνου και παρουσία νιτρικών) συνθηκών. Το μεγαλύτερο χρονικό διάστημα τα ανεπεξέργαστα λύματα εισέρχονται στην ανοξική δεξαμενή. Εκεί τα βακτηρίδια οξειδώνουν τις οργανικές ύλες με την βοήθεια των νιτρικών ( NO3) που μετατρέπονται σε αέριο άζωτο ( N2). Κατόπιν τα λύματα εισέρχονται στην αναερόβια δεξαμενή όπου η αμμωνία (ΝΗ3) μετατρέπεται σε νιτρικά (ΝΟ3). Η βιολογική αφαίρεση του φωσφόρου γίνεται σε αυτή τη δεξαμενή γιατί σε αερόβιες συνθήκες τα βακτηρίδια προσροφούν μεγάλες ποσότητες φωσφόρου.